Este tipo de enzima é a responsável pela defesa de uma bactéria, assim como os anticorpos são pelas células humanas. Quando, por exemplo, um bacteriófogo (vírus) ataca uma bactéria, ele lança na mesma seu DNA. As enzimas de restrição atuam neste momento. Estas, que são altamente específicas, reconhecem e clivam ("quebram") o DNA do bacterófago em pontos peculiares.
A figura acima mostra a atuação da ECOR1, que protege a E. coli do ataque de bacteriófagos.
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